Afectado por el Segundo Impacto, el Cuarto Ángel ataca Tokio-3 y la humanidad queda en manos de la agencia NERV. El joven Shinji Ikari se ve obligado a pilotar el EVA-01. Tendrá que luchar junto a Rei Ayanami, piloto del EVA-00, pero el Sexto Ángel daña al EVA-01. Misato Katsuragi condensa toda la electricidad de Japón en el cañón de positrones del EVA-01 para derrotar al Ángel.
Además, la Edición Coleccionista incluye todo este material extra:
1. Monocubeta Especial: Caja contenedora en tamaño A4 a color rojo brillante.
2. Certificado de Autenticidad: Certificado que indica que es una edición especial limitada y numerada.
3. Colección de Maxicards: Fantástica colección de 7 postales con screenshots de la película.
4. Pósters: Los dos diseños principales de la película en formato póster a medida 68x48cm.
5. Colección de Stickers: Increíble colección de stickers con diseños especiales de los personajes principales de la película.
6. Tarjeta personal de Rei: Reproducción de la tarjeta personal que entregan en NERV a los pilotos. Esta es la que usa Rei.
7. Pin de NERV: Reproducción del pin que llevan los empleados de NERV.
8. Tarjeta de pase VIP: Pase que lleva incluido la carta que Gendoh le envía a Shinji.
9. Libro Evangelion 1.11: Fantástico libro con información sobre la película, personajes...
10. Contenido Adicional en Bluray:
- Teasers: Avances informativos proyectados en cine que se produjeron no solo como presentación de EVANGELION:1.0 YOU ARE (NOT) ALONE., sino también como presentación de la serie completa de cuatro partes de la nueva versión cinematográfica.
- Tráilers: Primer y segundo tráiler de cine de la nueva versión cinematográfica.
- Colección de Spots: Colección de anuncios de TV en el momento del lanzamiento en DVD y en el momento del estreno en cines. Rebuild de EVANGELION:1.01 (Shiro SAGISU Version). Rebuild of EVANGELION:1.01 (Joseph-Maurice Ravel Version).
- Angel of Doom PV: El videoclip de la ""Operación Yashima"", el intento de destrucción del núcleo del Sexto Ángel, representa Preludio en su totalidad, y por eso está acompañado por una pieza musical cargada de solemne tensión, coyo propósito es acenturar el clímax de toda la secuencia.