Nach dem Zweiten Aufprall greift der Vierte Engel Tokio-3 an, und die Menschheit wird in die Hände der NERV-Agentur gelegt. Der junge Shinji Ikari wird gezwungen, Eva-01 zu steuern. Er muss an der Seite von Rei Ayanami, der Pilotin von Eva-00, kämpfen, aber der Sechste Engel beschädigt Eva-01. Misato Katsuragi verdichtet die gesamte Elektrizität Japans in der Positronenkanone von Eva-01, um den Engel zu besiegen.
Darüber hinaus enthält die Collector's Edition all dieses Bonusmaterial:
1. Spezielle Monocubeta: A4-große, leuchtend rote Box.
2. Echtheitszertifikat: Zertifikat, das besagt, dass es sich um eine limitierte und nummerierte Sonderausgabe handelt.
3. Maxicards Collection: Fantastische Sammlung von 7 Postkarten mit Bildschirmfotos aus dem Film.
4. Poster: Die beiden Hauptmotive des Films im Posterformat 68x48cm.
5. Stickers Collection: Unglaubliche Sammlung von Aufklebern mit speziellen Designs der Hauptfiguren des Films.
6. Rei's persönliche Karte: Reproduktion der persönlichen Karte, die den Piloten in NERV gegeben wird. Dies ist die Karte, die Rei benutzt.
7. NERV-Anstecknadel: Reproduktion der Anstecknadel, die von den NERV-Angestellten getragen wird.
8. VIP-Passkarte: Pass, der den Brief enthält, den Gendoh an Shinji schickt.
9. Evangelion 1.11 Buch: Fantastisches Buch mit Informationen über den Film, Charaktere...
10. Zusätzliche Inhalte auf der Bluray:
- Teaser: Informative Kinovorschauen, die nicht nur als Präsentation von EVANGELION:1.0 YOU ARE (NOT) ALONE. produziert wurden, sondern auch als Präsentation der kompletten vierteiligen Serie der neuen Filmversion.
- Trailer: Erster und zweiter Kinotrailer der neuen Verfilmung.
- Spots Collection: Sammlung von TV-Werbespots zum Zeitpunkt der DVD-Veröffentlichung und zum Zeitpunkt des Kinostarts. Rebuild von EVANGELION:1.01 (Shiro SAGISU Version). Rebuild of EVANGELION:1.01 (Joseph-Maurice Ravel Version).
- Angel of Doom PV: Der Videoclip von "Operation Yashima", der versuchten Zerstörung des Kerns des sechsten Engels, stellt das Vorspiel in seiner Gesamtheit dar und wird daher von einem Musikstück begleitet, das mit feierlicher Spannung aufgeladen ist, um den Höhepunkt der gesamten Sequenz hervorzuheben.