Affecté par Second Impact, le Quatrième Ange attaque Tokyo-3 et l'humanité est laissée entre les mains de la NERV. Le jeune Shinji Ikari est contraint de piloter l'Eva-01. Il devra se battre aux côtés de Rei Ayanami, pilote de l'Eva-00, mais le Sixième Ange endommage l'Eva-01. Misato Katsuragi condense toute l'électricité du Japon dans le canon à positrons de l'Eva-01 pour vaincre l'Ange.
De plus, l'édition collector comprend tous ces bonus :
1. Monocubeta spécial : format A4, boîte rouge vif.
2. Certificat d'authenticité : Certificat indiquant qu'il s'agit d'une édition spéciale limitée et numérotée.
3. Collection Maxicards : collection fantastique de 7 cartes postales avec des captures d'écran du film.
4. Affiches : Les deux dessins principaux du film en format d'affiche 68x48cm.
5. Collection d'autocollants : Incroyable collection d'autocollants avec des dessins spéciaux des principaux personnages du film.
6. Carte personnelle de Rei : Reproduction de la carte personnelle donnée aux pilotes de la NERV. C'est celle utilisée par Rei.
7. Épingle de la NERV : Reproduction de l'épingle portée par les employés de la NERV.
8. Carte VIP : Carte qui contient la lettre que Gendoh envoie à Shinji.
9. Evangelion 1.11 Book : Livre fantastique avec des informations sur le film, les personnages...
10. Contenu supplémentaire sur le Bluray :
- Teasers : avant-premières informatives produites non seulement pour présenter EVANGELION:1.0 YOU ARE (NOT) ALONE. mais aussi pour présenter la série complète en quatre parties de la nouvelle version du film.
- Bandes-annonces : Première et deuxième bande-annonce de la nouvelle version du film.
- Collection de spots : Collection de publicités télévisées à l'époque de la sortie du DVD et à l'époque de la sortie en salle. Rebuild of EVANGELION:1.01 (Version Shiro SAGISU). Rebuild of EVANGELION:1.01 (Version Joseph-Maurice Ravel).
- Angel of Doom PV : Le clip vidéo de l'"Opération Yashima", la tentative de destruction du noyau du Sixième Ange, représente le Prélude dans son intégralité, et est donc accompagné d'une musique chargée d'une tension solennelle, dont le but est d'accentuer le point culminant de toute la séquence.